نباید فراموش کرد که در سال 84، رهبر فرزانه‌ی انقلاب در دیدار با دانشگاهی‌ها فرمودند: «همه، خیال مى‌کنند دانشگاه اسلامى که مى‌گوییم، یعنى حجاب‌ها این‌طورى باشد، پسرها آستین کوتاه نپوشند و زلف‌ها بلند نباشد؛ این‌ها که معناى دانشگاه اسلامى نیست!» هشتاد سال اختلاط جنسیتی، هیچ ربطی به اسلامی یا غیراسلامی بودن دانشگاه‌ها نداشته است. کسی هم نیست که نداند در زمانی نه‌چندان دور، حضور زنان در دانشگاه‌ها قحطی بود و با وقوع انقلاب اسلامی، زنان به آگاهی و برابری در حقوق با مردان دست یافتند و جایگاه خود را در چشم‌انداز علمی کشور، بر فراز نشاندند. از این‌رو، عارضه‌ی اختلاط، اگر هم در دانشگاه‌ها رو به گسترش نهاد، هرگز ترفندی اباحه‌گرانه نبود که دل را نگران دین مردم کند. شوربختانه، در میان گفتار کسانی که اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها را مترادف با تفکیک جنسیتی می‌پندارند، کم‌تر دلیل و توجیهی شرعی و قانونی می‌توان یافت تا بر آن اساس بتوان تدبیری کرد؛ اما داوران و ناظران در این دست مباحث، به «جهت صدور» می‌نگرند و آن‌ها را به پای اسلام و قوانین شریعت می‌نویسند. مراجع تقلید و علمای شریعت، هرگز از حضور در تجمع‌های مختلط که خوف فساد در آن نیست منعی نکرده‌اند و بنابر اصل، تشخیص فسادانگیزی در این موارد را به عرف وانهاده‌اند. بنابراین، مداخله‌های عرفی برخی از بزرگان درباره‌ی تفکیک جنسیتی، اظهارنظرهای شخصی این بزرگواران تلقی می‌شود که حتی برای مقلدان ایشان نیز استنادپذیری ندارد و عموم مقلدان نیز در تعیین مصادیق، باید به عرف رجوع کنند.
برخی از معتقدان به تفکیک جنسیتی، عریضه‌های خود را به پای «ستاد اسلامی شدن دانشگاه‌ها» و «سند دانشگاه اسلامی» می‌نویسند؛ اما شورای اسلامی‌شدن دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی، مأموریت خود را چنین می‌داند: «شورای اسلامی‌شدن دانشگاه‌ها، قوه‌ی عاقله‌ای است که با درک صحیح و جامع از ابعاد مفهوم اسلامی‌شدن دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی و شناخت دقیق از وضعیت موجود این حوزه، اقدام به تدوین سیاست‌ها، راهبردها و برنامه‌های مناسب کرده و با نظارت کمی و کیفی بر حسن انجام برنامه‌ها، دستگاه‌ها و نخبگان را در طی این فرآیند، راهبری می‌کند.» هم‌چنین، این شورا در پایگاه خود سندی با عنوان «سند دانشگاه اسلامی» منتشر نموده است. طبق تعریف شورای اسلامی‌شدن دانشگاه‌ها اصول عمومی دانشگاه اسلامی عبارت است از:
ـ اهتمام به علم و دانش و اعتقاد به تأثیر بنیادی و قطعی آن در اداره‌ی صحیح جامعه و تأمین رفاه و سعادت مردم و رشد و توسعه متوازن؛
ـ اهمیت داشتن فکر و اندیشه و وجود آزادی برای تحقق و نقد و بررسی آرا و نظریات گوناگون؛
ـ داشتن آگاهی از مسائل و مباحث فکری و اجتماعی در عرصه‌ی سیاسی جامعه و مشارکت در صحنه‌ی زندگی اجتماعی و ایفای نقش در آن؛
ـ شناخت سنت‌ها و مفاهیم اخلاقی، ارزشی و فرهنگی جامعه، اصول اختصاصی.
دانشگاه اسلامی دانشگاهی است که در آن:
ـ بینش توحیدی بر تمامی شئون دانشگاه و تفکر و اندیشه‌ی دانشگاهیان حاکمیت دارد و علم‌آموزی به منزله‌ی یک عبادت در جهت ایجاد و تقویت این نگرش ایفای نقش می‌کند.
ـ محیطی سرشار از معنویت و مکارم اخلاق به‌منظور رشد و تعالی فردی و تربیت صحیح و تزکیه و تعلیم نفوس ایجاد می‌شود و حیات و شخصیت معنوی و اخلاقی افراد اعتلا می‌یابد.
ـ افراد در پرتو معارف اسلامی با احساس تعهد و مسئولیت، نسبت به رشد و تعالی جامعه و تحقق اهداف و ارزش‌های اسلامی در فعالیت‌های اجتماعی مشارکت می‌جویند. بنابراین، بر اساس سند دانشگاه اسلامی نیز نمی‌توان این نگاه قشری‌گرایانه‌ی مدعیان اسلامی‌سازی دانشگاه را توجیه کرد. نباید به فراموشی سپرد که از مهم‌ترین منتقدان نگاه قشری‌گرایانه به اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها، امام خمینی(ره) و آیت‌الله خامنه‌ای بوده‌اند.
دکتر «علی شیخ‌الاسلامی» که زمانی ریاست دانشکده‌ی ادبیات و علوم انسانی را برعهده داشته، در بیان خاطرات خود می‌گوید: «در سال‌های ابتدایی و اولیه‌ی انقلاب اسلامی، برخی از دانشجویان و چه‌بسا استادان فکر می‌کردند یکی از کارهایی که باید در دانشگاه انجام بگیرد این است که میان دانشجویان دختر و پسر که در یک کلاس هستند حداقل یک فاصله باشد و چادری یا دیواری بکشند. برای نمونه، در دانشکده‌ی ادبیات دانشگاه تهران که مسئولیت آن را بر عهده داشتم بدون اطلاع من، یکی از کلاس‌های گروه فلسفه را انتخاب کردند و دیوار چوبی کوتاهی میان محل نشستن خواهران و برادران کشیدند و بعد که من خبردار شدم صراحتاً مخالفت کردم. مسئله به دانشگاه کشیده شد که نظر دانشگاه را بپرسند. دانشگاه هم از خود من سؤال کردند که نظر شما چیست؟ گفتم من موافقتی با این امر ندارم و چون خانم فاطمه طباطبایی، دانشجوی رشته‌ی فلسفه‌ی دانشگاه تهران بودند مسئله را با ایشان مطرح کردم. قبل از این‌که از ایشان جواب بگیرم، اواسط هفته از دفتر مرحوم حاج احمد آقای خمینی به من تلفن شد که نظر امام این نیست و بگویید دیوار را بردارند و چنین کاری نکنند و ما این نظر را اعلام کردیم. ایشان، نظر امام را با این محتوا و تعبیر اعلام کردند که چون چنین امری در عالم اسلام سابقه ندارد و به ما چنین دستوری نداده‌اند، بنابراین، کاری که در اسلام سابقه‌ای ندارد ما نباید نسبت به آن امر مبادرتی داشته باشیم. با همین جملات کوتاه ایشان به مسئله خاتمه دادند و همه در مقام اطاعت برآمدند و دیوار برداشته شد و اوضاع به حال عادی بازگشت. آیت‌الله خامنه‌ای که رئیس جمهور وقت و خطیب نماز جمعه‌ی تهران بودند، جمعه‌ی همان‌هفته ضمن خطبه‌های نماز جمعه‌ی تهران اعلام کردند که در یکی از دانشگاه‌ها چنین قصدی بوده و حضرت امام با آن موافق نبوده‌اند و به‌همین‌دلیل، موضوع منتفی شده است.»
مقام معظم رهبری نیز در تعریف اسلامی‌کردن دانشگاه‌ها می‌فرمایند: «اسلامی‌کردن دانشگاه‌ها، یک معنای عمیق و وسیع و جامعی دارد، و به اعتقاد من، از نان شب برای دانشگاه‌ها واجب‌تر است. اگر بخواهید دانشگاه، علمی هم بشود، باید اسلامی بشود. از شاخصههای اسلامی‌شدن، علمی‌شدن و عمیق‌شدن است، خودباور بودن استاد و دانشجو است، اتکا به نفس داشتن استاد و دانشجو است. همه‌ی مسئله این نیست که حالا یکی با آستین کوتاه بیاید، یکی با چهار تار موی پیدا بیاید. مسائل اسلامی کردن که این نیست. البته یکی از خصوصیات دانشگاه اسلامی این است که تدین در آن وجه غالب است؛ چون جامعه‌ی ما جامعه‌ی اسلامی است و تدین در آن، وجه غالب است.»
باری، هرچند برخی به استناد مصوبه‌ی صد و بیست و یکمین جلسه‌ی شورای عالی انقلاب فرهنگی در ششم مرداد سال ۶۶ بر لزوم طرح تفکیک جنسیتی تأکید می‌کنند نمی‌توان گفت تفکیک جنسیتی، به‌صورتی که در دانشگاه‌ها مطرح است از اولویت‌ها و استثناهای نظام اسلامی است و بر فرض که طرح تفکیک جنسیتی، در دستور کار دولتی باشد نباید آن را به دانشگاه‌ها اختصاص داد و باید در پی تفکیک جنسیتی در بیمارستان‌ها، فروشگاه‌های بزرگ، تفرجگاه‌ها و دیگر اماکن عمومی نیز بود!
)